En 1924 se encontraron tumbas y lapidas con inscripciones latinas "innegiante" la diosa Iside, razón por la cual designaron a los etruscos como lo primeros habitantes del lugar. Probablemente colonias provenientes del sur y dirigidas hacia los Alpes. Excavaciones individuales, habitaciones sepulcrales edificadas segun las costumbres etruscas están presentes también en el escollo sobre el cual se alza el castillo. Tal vez de ahí viene el origen del nombre: "Males scilices", escollo de muertos, es la definición que "l'arcidiacono" Pacifico dió al pueblo en el 844 d.C.

Una reciente interpretación, no muy aceptada por los estudiosos, dice que el nombre de Malcesine derive del termino "Mala Saxis", Cattivo Sasso (Mala roca), por la particular naturaleza rocosa y calcárea del terreno de la zona.

Los Longobardi de Alboino fueron probablemente los primeros constructores originarios del Castillo, que surge sobre el famoso escollo a pico sobre el lago. Este castillo fue destruído la primera vez por las tropas del Rey Childerico, enviadas para vengar la ofensa que Autari le hizo casandose con Teodolina quien ya era su prometida.

Fue reedificado a finales del siglo VIII cuando derrotados los Longobardi por mano de los Franchi, Malcesine paso a Carlo Magno. Seguidamente, para contrastar las invasiones bárbaras de los Ungheri, se construyeron amplios muros de defensa del borgo, que nació alrededor del castillo, creando asi "puertas". La Puerta oriental es tal vez la mas conocida.

En 1145, período de los Feudos, Malcesine forma parte de la "Señoria del Obispo de Verona", adoptó una cierta independencia como Ayuntamiento y tuvo derecho a tener una moneda propia. Siguieron los "Della Scala", señores de Verona y en el 1277, Alberto Della Scala, tal vez más en una demostración de fuerza y dominio que por verdadero desarrollo militar, reelaboró y restauró con particular y audaz cuidado el castillo. Desde entonces la definición de "Castillo Scaligero" (Della Scala).

Pero en 1400, para defenderse de los tentativos de conquista de los Carraresi, se debió pasar bajo la protección de la Serenisima República de Venezia. Inició un periodo de estabilidad y prosperidad. Para ese entonces nace la "Gardesana del Agua", una pequeña federación de 10 comunidades del lago.

Malcesine, como cualquier pueblo de frontera, viene designado por ser sede de la "Capitanía del Lago". En el 1600 la comunidad de Verona adquirió una propiedad Scaligera y con cuidadosamente realizó su ampliación y restauro. Fué transformada en lo que es hoy uno de los edificios mas importantes del pueblo. En el Palacio de los Capitanes se encuentran frescos de gran valor y decoraciones en estilo lombardo-veneziano.

Las guerras de Napoleón contra Austria llevaron a Malcesine tropas inicialmente austriacas y posteriormente francesas, las cuales, una vez derrotada Venezia permanecieron como dueñas. despues del fin de Napoleón, Malcesine formo parte del reino Lombardo-Veneto. Durante las diferentes guerras de independencia el pueblo fué tomado como guarida por tropas austríacas y piemonteses, la roca, cual fortaleza de frontera, viene posteriormente consolidada y modificada para uso militar. Con l'armistizio de Villafranca en 1886, Malcesine y todo el territorio Veronés comenzó a formar parte del Reino de Italia.